PMH li al-Mubtadi’in merupakan bagian dari PMH yang secara khusus diperuntukan bagi santri pemula yang usianya berkisar antara 11-16 tahun. Lembaga ini mulai beroperasi pada tahun 2011 dengan system mentoring di mana setiap 10-15 santri didampingi dan dibimbing oleh seorang musyrif (pembimbing).

Pendirian lembaga ini dilatarbelakangi oleh beberapa hal diantaranya; Pertama, adanya pemikiran bahwa pendidikan anak pada usia 11-16 tahun memerlukan motode dan pendekatan yang lebih spesifik terutama dalam bimbingan akhlak dan akademik. Kedua, pengelompokan santri pemula dengan didampingi seorang pembimbing, terpisah dengan santri lama diharapkan dapat mendukung proses belajar sekaligus meminimalisir imitasi terhadap hal-hal negatif dari santri lama yang biasanya lebih mudah dari pada imitasi terhadap hal positif. Ketiga, sebagian besar santri yang dimasukkan di PMH li al-Mubtadiin belum mengenal institusi dan system pendidikan pesantren sehingga membutuhkan adaptasi khusus baik dalam bidang materi, kultur, dan nilai-nilai pesantren.