Pesantren Maslakul Huda Putra berdiri pada tahun 1910. Adalah cikal bakal bertumbuhnya cabang-cabang Lembaga Operasional dibawah Yayasan Pesantren Maslakul Huda Pati yang sampai saat ini tetap menjadi induk dari Lembaga Operasional yang otonom.

Jumlah santri saat ini ada berjumlah 165 santri putra. Mereka adalah santri sekaligus siswa kelas 2 – 3 Aliyah Perguruan Islam Mathali’ul Falah.