Pesantren Maslakul Huda (PMH) yang didirikan prakemerdekaan mempunyai andil besar dan nyata dalam mewujudkan kemerdekaan. Kehadiran pesantren sebagai lembaga tafaqquh fiddin mempunyai peran aktif dalam pengembangan intelektual, di samping berusaha melakukan komunikasi dan kerjasama dengan masyarakat yang diiringi pengejawantahan tata nilai dan ajaran Islam.
Secara historis tidak diketahui pasti kapan tanggal berdirinya Pesantren Maslakul Huda, namun dapat dipastikan rintisan aktifitas cikal bakal keberadaan Maslakul Huda sudah berlangsung sekitar tahun 1910-an. Pada waktu itu, Kiai Mahfudh (ayah Kiai Sahal Mahfudh) telah menginjak dewasa, beliau ingin mempunyai pesantren sendiri. Kiai Mahfudh setelah menimba ilmu dari Makkah sempat tabarukan (belajar ulang) sebentar kepada Kiai Hasyim Asy’ari, ketika beliau ngangsu kaweruh di Tebuireng, saat itu sudah diberikan kesempatan mengajar oleh Kiai Hasyim Asy’ari, sehingga ketika Kiai Mahfudh minta diri pulang untuk merintis pesantren di Kajen, beberapa santri yang dulu menjadi muridnya di Tebuireng ikut beliau dan akhirnya menjadi santri pertama di Maslakul Huda.
Pada awalnya pesantren ini belum bernama Pesantren Maslakul Huda kemudian ditambah dengan nama Putra yang merupakan singkatan dari nama daerah dimana pesantren ini berada yaitu, Gempol Garut. Ketika pesantren dipegang oleh kiai Sahal Mahfudh sekitar tahun 1963 dinamakan Maslakul Huda (jalannya pituduh) dengan maksud sebagai tahap lanjutan dari Mathali’ul Huda (sumbernya pituduh) pesantren yang didirikan ayah Kiai Mahfudh (Kiai Abdussalam) yang diasuh oleh Kiai Abdullah Salam (almarhum) putra Kiai Abdussalam dan sekarang diasuh oleh Kiai Nafi’ Abdillah (putra kiai Abdullah Salam). Kemudian pada 29 April 2011, Pesantren Maslakul Huda membentuk sebuah Yayasan bernama Yayasan Pesantren Maslakul Huda.
Pesantren Maslakul Huda berdiri diatas tanah seluas 5000 m2. Secara geografis, letak pesantren Maslakul Huda berada di wilayah desa Kajen paling barat, keberadaannya berbatasan langsung dengan Desa Ngemplak, tepatnya di arah barat Makam Syekh Ahmad Mutamakkin dan sebelah timur jalan Pati-Tayu km 15. Desa Kajen berada di wilayah Kecamatan Margoyoso Kabupaten Pati Provinsi Jawa Tengah. Luas Desa Kajen sekitar 63 hektar yang hampir seluruh tanah berupa pekarangan dan tidak memiliki sawah. Tidak adanya tanah pertanian menyebabkan sebagaian besar penduduk Desa Kajen harus bertumpu pada kegiatan perdagangan, jasa angkutan, pekerja pabrik, buruh tani, dan usaha produksi.
Sejarah Kepemimpinan
Tahun 1910 – 1949. Pada awalnya Kyai Mahfudh memulai mengajari kitab kuning di musholla kepada santri yang ingin belajar agama kepada Beliau. Seiring berjalannya waktu di tahun 1912 Kyai Mahfudh bersama-sama dengan para kiai Kajen mendirikan Perguruan Islam Mathali’ul Falah.
Tahun 1949 – 1963. Kepemimpinan pesantren dipegang oleh KH Ali Muhtar. Beliau adalah adik dari KH Mahfudh.
Tahun 1963 – 2014. Kemudian setelah KH MA Sahal Mahfudh pulang dari menuntut ilmu di Mekkah, kepemimpinan diserahkan oleh KH Al Muhtar kepada putra dari KH Mahfudh yakni KH MA Sahal Mahfudh.
Tahun 2014 – Sekarang. KH Abdul Ghofarrozin. Beliau adalah putra KH MA Sahal Mahfudh.