Penyelenggaraan pesantren ini berangkat dari keinginan ibu Dra. Hj. Nafisah Sahal (Istri KH.MA. Sahal Mahfudh). Semula keinginan ini tidak mendapati ijin, karena pertimbangan beratnya mengurus santri putri. Baru pada tahun 1972 pesantren ini didirikan, pertama dalam wujud musholla kemudian ditambah dengan empat lokal lainnya. Saat ini pesantren putri sudah mengalami perubahan fisik dari yang semula hanya terdiri dari musholla dan beberapa kamar kini sudah menjadi bangunan megah dengan dua lantai yang dibangun pada tahun 2000 M.